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PPGI tem projeto aceito no Edital Universal CNPq 2013



O projeto intitulado “Uma Abordagem de Indução de Árvores de Decisão a partir de Agrupamento de Propriedades Tridimensionais em Bioinformática” foi aceito no Edital Universal 2013 do CNPq.

O projeto será coordenado pela profa. Ana Trindade Winck (UFSM) e terá como participantes adicionais o prof. Luís Alvaro de Lima Silva (PPGI/UFSM) e a profa. Karina dos Santos Machado (FURG), bem como alunos de mestrado do programa.

Resumo do projeto:

A expansão da ciência passa, atualmente, pela interdisciplinaridade. A bioinformática é uma área da ciência necessariamente interdisciplinar. Em bioinformática, um dos grandes desafios diz respeito à pesquisa em desenho racional de fármacos, onde o princípio fundamental está na interação entre macromoléculas biológicas, chamadas de receptores, e pequenas moleculas, chamadas ligantes. Em experimentos de docagem molecular se investiga o melhor encaixe e conformação de um ligante no receptor. Um dos grandes desafios nessa área consiste na consideração da flexibilidade do receptor, o que impacta diretamente no tempo de execução e teste de docagem molecular. Tem-se empregado esforços em minerar dados de resultados de docagem molecular, com o objetivo de selecionar conformações relevantes para reduzir o número de conformações a serem testadas. Apesar dos resultados alcançados serem promissores, existem algumas propriedades nos experimentos que dificultam a efetiva seleção das conformações. Ainda, algumas propriedades das estruturas sendo analisadas, e que podem indicar importantes avanços nos experimentos, ainda são desconhecidas por especialistas de domínio. Dessa forma, propõe-se uma estratégia de indução de árvore de decisão baseada em agrupamento de propriedades tridimensionais do receptor para um determinado ligante. A ideia principal é induzir árvores que contenham em seus nodos testes de uma região espacial de um determinado átomo da proteína. Nesse sentido, a abordagem de agrupamento aparece para buscar identificar regiões espaciais atômicas relevantes que induzam um bom resultado de docagem. Tanto os agrupamentos quanto os modelos de árvore induzidos podem ser úteis para um especialista de domínio compreender a atuação atômica em um modelo flexível de docagem molecular, bem como selecionar conformações promissoras do receptor, tendo como base as regiões dos átomos que serão projetadas no modelo proposto.

 


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