O Programa de Pré-incubação tem a finalidade de qualificar as propostas de negócio e projetos que tem o objetivo de tornarem-se empresas incubadas. O processo tem duração de 60h e testa a viabilidade dos empreendimentos, ou seja, verifica se há a capacidade de a ideia se tornar de fato uma empresa. Os participantes assistem módulos de diversas temáticas como modelo de negócio, pesquisa de mercado, projeto de vida, questões jurídicas e questões financeiras. 

Cada grupo tem um empreendedor de Santa Maria como mentor durante todo o processo e recebe opiniões e dicas de pessoas com experiência na área. Os modelos de negócio são apresentados para uma banca de avaliação, que orienta sobre o que está correto e o que precisa ser modificado no empreendimento. O Centro de Referência e Apoio à Novos Empreendimentos (Cerne) é o condutor dos processos da incubadora.