A equipe Bombaja possui uma organização interna baseada em hierarquias dentro de seus subsistemas, sendo dividida entre 8 áreas de trabalho.

Cada um dos subsistemas da equipe possui um gerente, que é responsável pela organização das tarefas e dos membros de seu respectivo setor, além da devida transmissão dos progressos e necessidades do subsistema para o resto da equipe.

Os setores da equipe, buscando uma maior organização e unidade nos objetivos, respondem para a capitania da equipe da equipe, formada atualmente por capitão e vice-capitão. O acompanhamento diário do funcionamento das tarefas é feito pelos gerentes de fabricação e projetos, que fiscalizam o planejamento e execução das tarefas na oficina e também respondem a capitania.

Os capitães, por sua vez, são vistoriados e consultam o apoio do professor orientador e dos co-orientadores, que guiam a equipe no funcionamento diário e no planejamento das atividades futuras, além de atuarem como representantes oficiais da equipe em diversas ocasiões.