Para que o conhecimento científico possa ser utilizado para monitorar e manejar os ambientes potencializando as estratégias e ações de conservação, são necessários programas de amostragem bem desenhados e de longo termo (Magnusson et al., 2008). O método de parcelas adaptado para sítios de pesquisa ecológica de longa duração (componente PELD) e que concomitantemente permitisse inventários rápidos para avaliação da complementaridade biológica e do planejamento do uso da terra (componente RAP) foi proposto por Magnusson et al. (2005). Essa nova metodologia denominada RAPELD, permite amostrar de forma adequada as comunidades biológicas em grandes áreas amostrais, e ao mesmo tempo minimiza a variação nos fatores abióticos que afetam tais comunidades. Nesta metodologia, as parcelas são desenhadas de forma a acompanhar a curva de nível e são longas (250 m) e finas. Assim, a variação interna de topografia e solo é minimizada, o que permite que essas variáveis possam ser usadas como preditoras das distribuições das espécies. Dependendo do organismo e de sua mobilidade, o tamanho da área da parcela a ser amostrada pode variar.

O método de parcelas permitirá que os diversos pesquisadores trabalhando na rede com diferentes organismos possam coletar dados em escala semelhante, com a vantagem de fornecer dados comparáveis entre os sítios de amostragem. Essa infraestrutura permitirá estudos integrados na escala da Mata Atlântica e que possam responder as questões em uma escala temporal, tais como os efeitos de mudanças climáticas nas comunidades biológicas. Ademais, a complementaridade biótica entre sítios poderá fornecer informações necessárias para o ordenamento do território (Magnusson et al., 2005). Um delineamento amostral integrado é muito relevante, pois de forma geral o que ocorre, é um grande investimento em pesquisas que têm seus desenhos amostrais específicos aos problemas em questão, mas a cada nova ameaça ou oportunidade que aparece, é necessário desmantelar toda a infraestrutura e recomeçar com um novo desenho amostral. Isso leva a resultados que não podem ser integrados ou comparáveis, uma vez que os dados não são coletados em uma mesma escala (Magnusson et al., 2008).

Na presente proposta de rede, alguns módulos (Ilha Grande/RJ) ou grades (Reserva Biológica de Una/BA) já estão implantados e iniciando os inventários, adotando os protocolos padronizados. Outros serão implantados no decorrer do estudo, são eles: Parque Nacional de São Joaquim/SC, Lagamar/PR, Reserva Biológica do Tinguá/RJ, Estação Ecológica Estadual de Guaxindiba/RJ e Parque Estadual Dois Irmãos/PE.