Durante a construção da rede percebeu-se a potencialidade do desenvolvimento de alguns temas de biodiversidade que integrará os resultados dos diferentes núcleos. Alguns temas são mais específicos, mas conta com expertise em todos os núcleos, e outros são mais gerais e poderão ser abordados para diferentes grupos taxonômicos.

O objetivo geral desta linha é ampliar e aprofundar o conhecimento de pesquisadores e alunos em técnicas e análises de monitoramento, interação de organismos, atributos funcionais e diversidade filogenética e estimativa e modelagem de parâmetros populacionais para os diferentes grupos taxonômicos. Isto permitirá análises robustas numa escala macro, de questões relevantes da biodiversidade da Mata Atlântica.