Linha 1: AGROCLIMATOLOGIA APLICADA À PRODUTIVIDADE VEGETAL – Caracterização dos elementos do ambiente, suas modificações e de seus reflexos sobre o crescimento e o desenvolvimento das plantas. Desenvolvimento e avaliação de estruturas e/ou instalações para o cultivo de plantas em ambiente controlado.

• Projeto 1.1. Crescimento, desenvolvimento e modelagem de culturas hortícolas – responsável: Lilian Osmari Uhlmann
• Projeto 1.2. Ecofisiologia de espécies agrícolas, ornamentais, medicinais e aromáticas – responsável: Isabel Lago
• Projeto 1.3. Modelagem de processos de crescimento e de desenvolvimento de plantas – responsável: Sandro Luis Petter Medeiros
• Projeto 1.4. Mudanças ambientais e climáticas e seu impacto na produtividade vegetal – responsável: Nereu Augusto Streck
• Projeto 1.5. Sistemas de acompanhamento e previsão do desempenho de agroecossistemas – responsável: Arno Bernardo Heldwein
• Projeto 1.6. Técnicas experimentais em produção vegetal – responsável: Alessandro Dal’Col Lúcio

Linha 2: BIOECOLOGIA E MANEJO DE ORGANISMOS EM SISTEMAS AGRÍCOLAS – Identificação e caracterização de agentes bióticos com risco potencial de danos ao crescimento e ao desenvolvimento de plantas cultivadas. Levantamento, identificação, biologia e ecologia de pragas, patógenos e agentes biológicos de controle.

• Projeto 2.1. Bases para o manejo da resistência a inseticidas e toxinas de Bacillus thuringiensis berliner em alguns insetos-praga no Brasil – responsável: Oderlei Bernardi
• Projeto 2.2. Controle biológico de doenças de plantas de importância agrícola- responsável: Júlio Carlos Pereira Silva
• Projeto 2.3. Controle biológico de patógenos em cultivos agrícolas e hortícolas – responsável: Marlove Fátima Brião Muniz
• Projeto 2.4. Identificação, desenvolvimento de marcadores moleculares, distribuição geográfica e genética de populações de pragas invasivas no Brasil – responsável: Jonas André Arnemann
• Projeto 2.5. Interferência e manejo integrado de plantas daninhas – responsável: André da Rosa Ulguim
• Projeto 2.6. Manejo de pragas em cultivos agrícolas – responsável: Jerson Vanderlei Carus Guedes
• Projeto 2.7. Métodos de controle de fitopatógenos e tecnologia de aplicação de fungicidas – responsável: Ivan Francisco Dressler da Costa

Linha 3: DESENVOLVIMENTO, AVALIAÇÃO E MULTIPLICAÇÃO DE GENÓTIPOS SUPERIORES – Manipulação genética das plantas por métodos convencionais e biotecnológicos para incrementar o rendimento e a qualidade da produção, dentro de um enfoque de sustentabilidade.

• Projeto 3.1. Impacto de modificações ambientais na expressão gênica de plantas – responsável: Solange Bosio Tedesco
• Projeto 3.2. Melhoramento genético de plantas – responsável: Nerinéia Dalfollo Ribeiro
• Projeto 3.3. Modelos biométricos aplicados ao melhoramento de plantas – responsável: Alberto Cargnelutti Filho
• Projeto 3.4. Processos e técnicas de controle da qualidade física e fisiológica de sementes de plantas cultivadas – responsável: Ubirajara Russi Nunes
• Projeto 3.5. Seleção e multiplicação de clones de espécies hortícolas – responsável: Dilson Antônio Bisognin

Linha 4: FISIOLOGIA E MANEJO DE CULTURAS AGRÍCOLAS – Determinação de possibilidades de interferir sobre os processos fisiológicos que controlam o crescimento e o desenvolvimento das plantas e uso de modelos para estimar o impacto destas modificações sobre a eficiência de produção das culturas.

• Projeto 4.1. Controle da qualidade dos experimentos de culturas agrícolas – responsável: Sidinei José Lopes
• Projeto 4.2. Fisiologia de produtos hortícolas e sua relação com a qualidade na colheita e pós-colheita – responsável: Vanderlei Both
• Projeto 4.3. Manejo da produção no agroecossistema coxilha – responsável: Thomas Newton Martin
• Projeto 4.4. Modificações ambientais para o controle dos processos fisiológicos e fatores bióticos na conservação pós-colheita de produtos vegetais – responsável: Auri Brackmann
• Projeto 4.5. Potencial e lacunas de produtividade de culturas agrícolas e eficiência no uso de recursos – responsável: Alencar Junior Zanon
• Projeto 4.6. Processos determinantes da produtividade, desenvolvimento e aplicação de modelos biométricos em agroecossistemas de culturas agrícolas – responsável: Diego Nicolau Follmann
• Projeto 4.7. Reguladores e biorreguladores de crescimento no manejo, produtividade e qualidade pré e pós-colheita de hortaliças – responsável: Fabio Rodrigo Thewes
• Projeto 4.8. Respostas de culturas agrícolas à aplicação de bioinsumos em ambientes de produção – responsável: Anderson Cesar Ramos Marques