1) Interações organismos ambientes: Envolve o estudo das interações planta-microrganismo, planta-planta, planta-solo, planta-água e planta-atmosfera, visando à compreensão da interação do ambiente com as espécies vegetais de interesse agronômico, florestal, medicinal e zootécnico, relacionando esta interação com a preservação e o cultivo das mesmas. 
2) Propagação, desenvolvimento e metabolismo vegetal in vitro e ex vitro: Envolve estudos da biossíntese e acúmulo de metabólitos, propagação e desenvolvimento de espécies vegetais cultivadas in vitro e ex vitro, em relação a fatores bióticos e abióticos, objetivando a reposição, o cultivo e o aumento da produção de espécies de interesse agronômico, florestal, medicinal e zootécnico, atualmente exploradas ou com potencial para tal. 
3) Caracterização de espécies vegetais em ambiente natural e/ou modificado: Estuda a caracterização citogenética, genotóxica e morfológica de espédies vegetais de interesse agronômico, florestal, medicinal e zootécnico, bem como estudos taxonômicos, fenológicos e levantamentos florísticos, visando a ampliação dos conhecimentos da biodiversidade da flora existente, principalmente na região sul do país, além de servir como base pra estudos em ambientes agronomicamente controlados.