A Divisão de Contabilidade é responsável pelo acompanhamento e orientação das atividades das Seções de Análise da Execução Orçamentária, de Convênios e de Contabilidade, no desenvolvimento da execução orçamentária, de prestação de contas e de registros contábeis em contas de controle e do sistema patrimonial.

A Divisão de Contabilidade tem as seguintes atribuições:

• O(a)  diretor(a) exerce a função de diretor substituto do DCF e Gestor Financeiro Substituto e realiza assinatura de ordens de pagamento e notas de empenho em apoio ao gestor titular. Como agente substituto, integra o Rol de Responsáveis (art. 10, IN n° 63/2010-TCU).
• Auxilia a direção do DCF nas atividades administrativas da unidade, como acompanhamento da regularidade fiscal da instituição, emissão de correspondências internas, externas, processos judiciais e de ouvidoria, marcação de férias, abertura de processos da unidade e outros;
• Coordena a execução dos processos de despesas e de prestações de contas mediante o acompanhamento, orientação e supervisão das unidades: Seção de Execução Orçamentária, Seção de Contabilidade e Seção de Convênios. 
• Regulariza despesas e receitas, tais como: o pagamento de fornecedores, pensionistas e bolsistas cujos pagamentos retornaram do banco, após cancelamento de ordens bancárias bem como, a abertura de processos de reemissão de ordens bancárias no PEN-SIE e regularizações do pagamento destas despesas e devoluções ao erário; 
• Consultas de arrecadações por GRU e regularização nos sistemas SISGRU e SIAFI (diversos devedores);
• Realiza o estorno da liquidação no SIAFI e no SIE, referente devoluções de diárias e bolsas estudantis;
• Realiza a conferência das DDP – Demonstrativo da Despesa de Pessoal e procede a liquidação e o pagamento das Folhas de Pagamento de pessoal das unidades gestoras UFSM e HUSM e dos fechamentos de câmbio (estrangeiro) juntamente com o diretor da Coordenação de Análise Contábil.
• Elabora os normativos DCF contendo orientações às unidades responsáveis pelo orçamento;
• Elabora relatórios da execução de despesas, receitas e contratos, extraídos dos sistemas, em atendimento à demandas judiciais, análise de reequilíbrio de contratos ou análises de dados pela gestão.