O Protocolo e Arquivo é responsável pelo recebimento e controle de correspondências, documentos e processos relacionados ao Departamento de Contabilidade e Finanças. Nesta seção são desenvolvidas as seguintes atividades:

1. Recebimento, registro, busca e distribuição interna e externa, arquivamento e tramitação de processos, correspondências, notas fiscais, empenhos e outros documentos contábeis de aquisição de material, serviços, taxas de inscrição, diárias, suprimento de fundos, ressarcimentos, auxílios funeral e bolsas;
2. Separação de empenhos das mais diversas naturezas e envio aos setores correspondentes;
3. Atendimento ao público, presencial, via telefone ou e-mail, para consultas e envio de documentos, previsão de liquidação e pagamento de notas fiscais e de empenho;
4. Organização do caixa do dia, anexando as Ordens Bancárias às notas fiscais correspondentes; e,
5. Recepção e tramitação do Documento de Recepção de Notas Fiscais, na Caixa Postal do DCF, e atualização das informações de pagamentos do Sistema de Administração Financeira do Governo Federal (SIAFI), para consultas e acompanhamentos no Sistema de Informações de Ensino (SIE).