A estrutura curricular do PPGCO foi proposta para atender ao perfil de egresso esperado no Programa e permitir maior flexibilidade para que o discente possa desenvolver suas atividades de pesquisa, bem como realizar créditos em outros PPGs ou em áreas afins de seu interesse. A escolha das disciplinas é feita com aval e aprovação do orientador em detrimento das metas apresentadas pelo aluno no relatório de planejamento semestral solicitado para cada discente. O fluxo de disciplinas também é flexível e integrador entre os diferentes níveis, de forma a atender às demandas específicas de cada área e de acordo com a avaliação discente ao final de cada disciplina. Neste sentido, há disciplinas que são ministradas de forma intensiva, bem como disciplinas ofertadas ao longo de todo o semestre de acordo com as demandas e sugestões apresentadas pelos discentes e docentes.

Durante o Mestrado, o aluno deverá cursar um número mínimo de 34 créditos (24 créditos obrigatórios, 10 créditos optativos).

No Doutorado, exige-se um número mínimo de 36 créditos (17 créditos obrigatórios, 19 créditos optativos).

As disciplinas são distribuídas de acordo com o perfil esperado do egresso e inseridas nos três eixos formadores. Sendo assim, tem-se:

Eixo de formação comum:

1. 1. Fundamentos de Bioestatística
   2. Ética em Pesquisa
   3. Metodologia Científica
   4. Seminários de Pesquisa Clínica, Laboratorial e Epidemiológica I
   5. Seminários de Pesquisa clínica, Laboratorial e Epidemiológica II
   6. Seminários de Pesquisa Clínica, Laboratorial e Epidemiológica III
   7. Metodologia do Ensino Superior
   8. Estágios em Docência
   9. Elaboração de Dissertação e Tese
   10. Introdução à Revisão sistemática e Metanálise
   11. Seminários de Literatura Especial
   12. Redação Científica e Projetos de Pesquisa
   13. Coorientação de Pesquisa I
   14. Coorientação de Pesquisa II
   15. Coorientação de Pesquisa III

Eixo formador de Biomateriais:

1. 1. Biomateriais I
   2. Biomateriais II
   3. Pesquisa em Cerâmicas Odontológicas
   4. Estudo de Adesão em Odontologia
   5. Estudo Avançado da Reabilitação de Dentes Tratados Endodonticamente
   6. Estudos Avançados em Dentística

Eixo formador em Epidemiologia:

1. 1. Seminários de Epidemiologia em Saúde Bucal
   2. Epidemiologia Avançada
   3. Bioestatística Avançada
   4. Análise de Dados Epidemiológicos
   5. Seminários de Promoção de Saúde
   6. Seminários de Saúde Coletiva
   7. Saúde Bucal Coletiva Avançada
   8. Seminários de Periodontia
   9. Seminários de Periodontia Avançada

Disciplinas Clínicas:

1. 1. Clínica de Bebês
   2. Clínica Especializada em Odontopediatria
   3. Clínica de Dentística e Cariologia
   4. Clínica de Reabilitação Protética
   5. Endodontia Clínica
   6. Ortodontia Clínica
   7. Periodontia Clínica