O processo de elaboração do PDI teve início com a definição das comissões que atuariam liderando o processo de construção do plano. Foram definidos três tipos de comissões: Comissão Central, Comissão Executiva e Comissões Temáticas.

A Comissão Executiva teve a responsabilidade de conduzir o processo como um todo, enquanto a Comissão Central definiu as principais diretrizes do processo de elaboração. As Comissões Temáticas trabalharam para desenvolver assuntos específicos cuja temática foi definida como sendo prioritária pela Comissão Central.

A primeira diretriz foi a definição de um conjunto de desafios institucionais que seriam utilizados como base para o processo de construção do plano. Os desafios institucionais definidos foram:
    1. Internacionalização;
    2. Educação Inovadora e Transformadora com Excelência Acadêmica;
    3. Inclusão Social;
    4. Inovação, Geração de Conhecimento e Transferência de Tecnologia;
    5. Modernização e Desenvolvimento Organizacional;
    6. Desenvolvimento Local, Regional e Nacional;
    7. Gestão Ambiental.

A segunda diretriz foi sobre a forma de consulta à comunidade, que envolveu reuniões presenciais, o envio de um formulário on-line e a realização de uma campanha de divulgação, com o objetivo de envolver o maior número de pessoas possível.

As reuniões presenciais envolveram as chefias das unidades de ensino da UFSM, de setores da administração central, bem como representações de segmentos e coletivos sociais, de alunos, e de lideranças da cidade e da região (por meio da ADESM e do COREDE). O objetivo das reuniões foi fomentar a discussão em torno dos sete desafios definidos pela comissão central e coletar insumos para a elaboração dos objetivos institucionais e das políticas que compõem o PDI.

Durante as reuniões, os participantes foram divididos em grupos e cada grupo recebeu de dois a três desafios para discutir. Após as atividades em grupo, as informações eram consolidadas em uma plenária envolvendo todos os participantes. Na plenária, todos tinham a oportunidade de conhecer e opinar sobre o que cada grupo desenvolveu durante a sua atividade.

O formulário on-line abordava perguntas abertas sobre os sete desafios do PDI, e foi enviado para todos os estudantes, professores e técnico-administrativos. Este formulário foi respondido por 2.217 pessoas e as respostas foram analisadas em conjunto com as informações coletadas durante as reuniões presenciais.