O Núcleo de Gestão de Programas Estratégicos (NGPP/PRPGP) atua na gestão e prospecção de propostas institucionais concernentes a investimentos em infraestruturas multiusuárias. As agências de fomento (como FINEP, CAPES) lançam editais para financiar projetos de pesquisa para aquisição de equipamentos de pequeno, médio e grande porte, execução de obras, contratação de serviços e aquisição de material de consumo para manutenção de equipamentos multiusuários. Com base no edital da agência de fomento, a PRPGP/NGPP lança um Edital Interno a fim de compor a proposta institucional a ser submetida à agência financiadora. Para o processo de avaliação são convidados avaliadores ad hoc de diversas áreas, com o objetivo de avaliar, selecionar e qualificar os subprojetos e a proposta institucional.

Além disso o NGPP/PRPGP atua nos processos de internacionalização da pós-graduação (cotutela, dupla-titulação, reconhecimento de diploma, programas de mobilidade acadêmica, entre outros) trabalhando de forma coordenada com a Diretoria de Apoio Internacional.